三个月大的宝宝睡觉摇头，考虑有以下几方面原因：
1、皮肤瘙痒：可能由于宝宝的头部伴发有湿疹或者热痱子，从而引起宝宝头部出现瘙痒的症状，宝宝在睡觉时就会通过摇头来缓解局部瘙痒、不适的感觉。
2、缺乏维生素D和钙：如果宝宝缺乏维生素D或者是缺乏钙，就会引起佝偻病。在这种情况下，宝宝睡觉时除了摇头以外，还会伴有多汗、枕秃、方颅等症状。可以一方面让宝宝多晒太阳，另一方面积极补充维生素D和钙，当维生素D和钙补充充足之后，宝宝睡觉摇头的症状就会随之得到改善。
3、耳部不适：可能是由于外耳道湿疹或者伴有中耳炎导致，由于宝宝耳后不适，睡觉的时候也会出现摇头的症状。