儿童扁桃体肥大是否能够自愈，取决于扁桃体肥大的程度。如果扁桃体肥大的程度比较轻，而且不存在反复扁桃体发炎的情况。在这种情况下，一般儿童在14-15岁的时候，扁桃体会存在生理性的萎缩退化，儿童扁桃体肥大的症状就会逐渐减少和消失，完全可以自愈。
但是，如果儿童的扁桃体肥大超过一定程度，例如在临床上超过Ⅱ度以上，或者总是存在反复的扁桃体炎。在这种情况下，儿童扁桃体肥大自愈的可能性相对较小。儿童的扁桃体一般是在一岁末的时候，才开始逐渐发育增大，4-10岁是扁桃体的生理性肥大期，在10岁之后扁桃体会逐渐退化、萎缩。