儿童范科尼综合征的病因和发病机制至今未完全阐明，在儿童病例中大多是由先天性疾病导致，遗传因素及环境因素共同参与该病的发生。
一、主要病因
1、原发性范科尼综合征：大多数是由常染色体隐性遗传引起，也有常染色体显性遗传或X性联遗传，此外在某些病例中，无明显的遗传模式，表现为散发。该病既可单独存在也可与其他先天性遗传性疾病共存，比如先天性代谢异常(胱氨酸病、半乳糖血症、遗传性果糖不耐受症、肝豆状核变性等)。
2、继发性范科尼综合征：主要由于获得性疾病(如肾病综合征、急慢性间质性肾炎、急性肾小管坏死、肾静脉血栓形成、异常球蛋白血症、肾髓质囊性病、多发性骨髓瘤等)、药物(如含木通、防己、厚朴的中药制剂、抗肿瘤药、氨基糖苷类抗生素、治疗乙肝的核苷类药物等)及重金属中毒等引起的中毒性肾损害导致。
二、诱发因素
1、患有先天性代谢异常疾病，如胱氨酸病、半乳糖血症、遗传性果糖不耐受症、肝豆状核变性等。
2、患有后天获得性疾病，如肾病综合征、急慢性间质性肾炎、急性肾小管坏死、肾静脉血栓形成、异常球蛋内血症、肾髓质囊性病、多发性骨髓瘤等。
3、药物，如含木通、防己、厚朴的中药制剂、抗肿瘤药、氨基糖苷类抗生素。
4、重金属中毒。