原发性蛋白质-能量营养不良是由于社会或经济因导致的食物缺乏而引起的。继发性蛋白质-能量营养不良多继发于一些慢性消托性疾病，使得能量、蛋白质消耗增加，吸收不良，从而影响生长发育。
1、摄入不足或吸收障碍：
（1）食物短缺：贫穷、自然灾害、战争等原因导致食物缺乏，使得儿童长期处于饥饿状态。
（2）喂养方式不当：母乳不足而又未能及时添加辅食；人工喂养者奶粉配制过稀；辅食添加过迟或不合理；长期以淀粉类(米、面)食物为主，致使蛋白质摄人不足。
（3）家庭营养知识欠缺或者宗教习惯：患儿挑食、偏食等不良饮食习惯使得营养素摄入不足或不均衡。
（4）心理异常：特别是青春期青少年为了追求苗条而节食，严重者发生神经性厌食。
（5）吸收障碍：见于长期腹泻、慢性疾病、肠结核、幽门痉挛或梗阻、胰蛋白酶缺乏等，由于影响食欲，妨碍蛋白质等营养素吸收与利用，低蛋白血症时发生水肿。
2、消耗、丢失过多：
（1）体力活动量过大：比如进行某些运动项目的孩子，日常训练强度过大致使能量大量消耗。
（2）疾病影响：许多疾病如先天性心脏病、消化道畸形及炎症、恶性肿瘤、遗传代谢病等，在抑制孩子食欲的同时，也增加了机体的能量与蛋白质消耗，严重时致低蛋白性水肿，这一类营养低下又被称为蛋白质能量消耗。
3、先天不足：多见于胎儿营养不良引起的低出生体重儿、足月小样儿以及双胎、多胎及早产儿等，机体代谢等功能发育不成熟或者低下，如果喂养不当则导致营养不良发生。
4、蛋白质合成障碍：肝脏能合成各种血浆蛋白，如白蛋白、纤维蛋白、凝血酶原亦能合成部分球蛋白。肝脏疾病如肝硬变、肝炎时肝功能减退，合成蛋白质的功能降低，因而血浆蛋白低下，发生水肿及腹水等症状。