小儿肥厚型心肌病常隐匿起病，进展缓慢。因本病的病理解剖和病变程度不一，病理生理变化也不同，故其临床表现也轻重不同。有些患儿早期可无任何症状，也有的在活动时猝死。左室流出道梗阻可致活动后心悸、呼吸困难、胸痛，甚至晕厥。重者可出现心功能不全的表现，如呼吸急促、不能平卧、心率快、浮肿、尿少。
一、典型症状
1、呼吸困难：常表现为劳力性呼吸困难及阵发性夜间呼吸困难。
2、胸痛：多数患者会有胸痛，可呈典型的心绞痛或非典型的胸痛，多于劳累或体力劳动而诱发。
3、晕厥：主要表现为一过性晕厥，或突然站立和运动后晕厥，及时躺下多可于片刻后自行缓解。
4、心悸：多与心律失常以及心肌收缩加强有关。
5、喂养困难：小儿哭闹、焦躁不安、难以进食。
二、其他症状
可用语言表达自己感受的小儿或可出现向家长哭诉胸痛、头晕等表现。