小儿获得性免疫缺陷综合征肾病通过口服抗病毒药物、抗生素、免疫抑制剂、利尿剂治疗，个别患者可进行肾移植、透析等方法治疗，一般需要长期持续性治疗。
一、一般治疗
1、休息：水肿显著或并发感染，或严重高血压需要卧床休息。
2、防治感染：通过药物和日常注意卫生，防止和治疗除小儿获得性免疫缺陷综合征肾病以外的感染性疾病。
3、对症支持治疗：有发热、恶心、呕吐、腹泻等患儿进行补液降温等对症支持治疗。
二、药物治疗
1、抗病毒药物：
（1）齐多夫定：此药能选择性的与人类免疫缺陷病毒反转录酶结合，抑制反转录酶的作用，阻碍前病毒的合成，对人类免疫缺陷病毒复制具有很强的抑制作用。
（2）拉米夫定：与齐多夫定作用一致，可以抑制人类免疫缺陷病毒的复制和转录。
（3）奈韦拉平：通过直接与RT催化活性位点的疏水区结合，引起酶蛋白构象改变，造成酶失活，从而阻止了人类免疫缺陷病毒RNA反转录为DNA，从而抑制人类免疫缺陷病毒的复制。
（4）茚地那韦：茚地那韦是一种蛋白酶抑制剂，能够有效抑制蛋白酶的活性，阻止病毒前体蛋白进一步加工处理，从而抑制子代病毒的合成，阻止了人类免疫缺陷病毒的进一步扩散。
2、抗生素：常用药物有磺胺甲噁唑，可以治疗因为人类免疫缺陷病毒引起的感染。
3、免疫抑制剂：环孢素，环孢素可阻止CD4细胞对白介素-1和白介素-2的反应，延缓终末肾病的进展，延长患者的生命。
4、利尿剂：
（1）氢氯噻嗪：通过促进排尿减低血容量而减低水肿。
（2）呋塞米：通过抑制肾小管对钠、氯离子的重吸收，可以起到利尿作用，减轻水肿。
三、手术治疗
肾移植是临床上治疗终末期肾病最有效的手段，通过肾移植可以改善患儿的水肿情况，提高生活质量。
四、其他治疗
肾透析，清除体内产生的毒素，代替肾脏的排毒功能，维持身体内环境，改善患者的生活质量。