患儿注意继续饮食，预防和纠正脱水、酸中毒及电解质紊乱，合理用药，加强护理，预防并发症。
一、一般治疗
饮食疗法，纠正水、电解质、酸碱平衡紊乱，酌情选用胃肠道黏膜保护剂及微生态疗法。
二、急症治疗
纠正脱水、酸中毒、水电解质紊乱及酸碱失衡，抽搐者补钙、补镁治疗。
三、药物治疗
1、控制感染，小儿肠炎70%多为病毒或细菌感染，一般不用抗生素，只做液体疗法，患儿可治愈。但伴有明显中毒症状不能用脱水解释者，尤其是对于重症患儿、新生儿、小婴儿和免疫功能低下患儿应选用抗生素治疗，先根据经验选用抗菌药物，再根据大便培养和药物敏感试验结果进行调整，抗生素可选头孢克肟颗粒、头孢噻肟、头孢曲松、头孢吡肟、小檗碱、 制霉菌素、甲硝唑等。
2、微生态制剂，可恢复肠道正常菌群的生态平衡，抵御病原菌定植、侵袭，有利于控制腹泻，可选用促菌生、乳酸菌素片、培菲康、益生菌、枯草杆菌二联活菌颗粒、双歧口服液等。
3、黏膜保护剂，可维护和修复肠道黏膜屏障，蒙脱石散对病毒、细菌及毒素具有固定清除作用，同时帮助受损的黏膜上皮细胞恢复和再生，平衡肠道正常菌群。
4、补锌治疗，可缩短病程。
四、手术治疗
本病无需手术治疗。
五、中医治疗
使用小儿香橘丸、保和丸、小儿百寿丹，可配合中医推拿、捏脊等治疗。