先天性胃壁肌层缺损唯一有效的治疗方法是外科手术，一旦确诊，应及早手术，清理感染，切除病灶。术前应充分胃肠减压、吸氧、保暖，高度腹胀时行腹部穿刺术，降低腹腔压力，改善呼吸，穿刺液可送细菌培养，同时应积极抗休克治疗。
一、一般治疗
术前应及早放置胃管持续胃肠减压，吸氧、保温、抗休克及静脉应用强有力的广谱抗生素控制感染。
二、药物治疗
本病目前无特效治疗药物，针对身体其他异常，可采用质子泵抑制剂强烈、持久地抑制胃酸的分泌，降低胃肠功能，为手术赢得时间。也可静脉应用广谱抗生素如头孢类抗生素头孢哌酮、头孢克肟等控制感染。
三、手术治疗
手术的目的是阻断腹腔内继续受到污染以及感染扩散，恢复消化道的连续性。手术一般采用传统上腹部探查切口和腹腔镜下探查术式。需要结合患者具体的情况选择术式。也有人建议对广泛胃坏死者行全胃切除、食管小肠吻合术，此术式仅限于万不得已时应用。