儿童骨髓增生异常综合征多数骨髓增生异常综合征为原发性，病因不明，目前已知的与其有关的病因包括苯、化疗药物尤其是烷化剂和拓扑酶抑制剂、电离辐射、靶基因的突变、染色体缺失等有关。本病好发于有血液系统疾病或肿瘤疾病家族史，曾长期接触过化学物质、化疗药物、电离辐射等有害物质的患儿。
1、接触的苯含量超标：苯含量常远超过允许的最低标准水平，通过破坏DNA，损伤DNA修复酶，影响染色体完整性致病。
2、化疗药物尤其是烷化剂和拓扑酶抑制剂，同样是通过破坏DNA，损害染色体完整性致病。
3、电离辐射：近期过多接触电离辐射高的物质也可破坏DNA致病。
4、靶基因突变：靶基因缺失、重复、重组造成的等位基因的丢失，从而导致儿童骨髓增生异常综合征的发生。
5、染色体缺失：染色体核型分析发现与骨髓增生异常综合征患儿发病相关的染色体缺失，可致病。