儿童大动脉炎的病因目前尚不明确，一般认为该病是与感染相关的自身免疫性疾病。多数研究认为该病发病与结核菌、链球菌，及病毒感染及异常自身免疫有关。该病好发于女性，推测其发病与雌激素水平有一定关系且具有一定遗传性。
1、遗传因素：由于大动脉炎发病有地区性，且多数为年轻女性，有家族倾向，提示其可能与遗传易感性有关。
2、感染：以往多认为大动脉炎的发病与结核、链球菌及病毒等感染有关，有报道大动脉炎患者中结核感染率为14.2%~22%，最高者达90%。目前认为可能感染的作用是诱发了机体的免疫功能紊乱而导致免疫损伤所致。
3、自身免疫损伤机制：多数大动脉炎患者血清中可查出自身抗体，包括抗钙磷脂结合蛋白V抗体、抗内皮细胞抗体等。大动脉炎常并发自身免疫性甲状腺疾病(Graves病、桥本甲状腺炎和亚急性甲状腺炎)，临床免疫抑制剂治疗有效。以上因素均提示大动脉炎的发病是由于自身免疫机制所致。