儿童生殖细胞瘤一般需要长期间歇性治疗，需要手术治疗联合药物治疗、放射治疗。常用的手术方式包括生殖细胞瘤切除术。常用的治疗药物包括博来霉素、依托泊苷、顺铂。
一、药物治疗
恶性生殖细胞肿瘤对化疗敏感，首选推荐的化疗方案是PEB(博来霉素、依托泊昔和顺铂)。
1、博来霉素：博来霉素常见不良反应有恶心、呕吐、口腔炎、皮肤反应、药物热、食欲减退、脱发、色素沉着、指甲变色、手足指(趾)红斑、硬结、肿胀及脱皮等。用药期间应注意检查肺部，如出现肺炎样变应停药。
2、依托泊苷：依托泊苷为细胞周期特异性抗肿瘤药物，常见不良反应有骨髓抑制、胃肠道反应、过敏反应、皮肤反应、神经毒性等。
3、顺铂：顺铂能与DNA结合，引起交叉联结，从而破坏DNA的功能，并抑制细胞有丝分裂，为一种细胞非特异性药物，抗瘤谱较广。为减轻毒副作用，用药期间尚应多饮水，用药前宜选用各类止吐药，同时备用肾上腺素、皮质激素、抗组织胺药，以便急救使用。
二、手术治疗
生殖细胞瘤切除术，对于局限性肿瘤及良性肿瘤如良性畸胎瘤等主要治疗手段为手术。对恶性生殖细胞性肿瘤，估计肿瘤不能完全切除或切除可能损害重要的生命组织结构时，应考虑仅做活检。在明确诊断后先行化疗，减少肿瘤负荷创造手术条件，待肿块明显缩小至基本能完全切除时再行根除手术。
三、放射治疗
对高度怀疑生殖细胞瘤的患儿，部分可采取诊断性放疗。对于第一次或第二次复查MRI显示肿瘤体积无明显缩小的病例，可观察2～4周，如肿瘤缩小，则继续完成放射剂量；如肿瘤仍无缩小，可考虑诊断为非生殖细胞瘤，应选择手术治疗。