小儿单纯肺动脉口狭窄主要病因有两个，一是胚胎时期发生宫内感染，二是家族遗传因素。本病好发于胚胎时期母体感染风疹病毒或父母有肺动脉狭窄史的患儿，可由艾滋病诱发。
一、主要病因
1、胚胎时宫内感染：如果母亲在妊娠的头3个月内患风疹，即可使胎儿发生风疹综合征，表现为白内障、耳聋及心血管畸形，而心血管畸形者最多是为肺动脉狭窄，也可为肺动脉瓣膜狭窄。
2、家族遗传因素：父母中有患肺动脉口狭窄，则儿童容易患肺动脉口狭窄。
二、诱发因素
因为艾滋病病毒破坏体内免疫系统，导致其体内免疫力低下。若孕妇是艾滋病患者，容易引发风疹病毒感染，导致胎儿出现小儿单纯肺动脉口狭窄。