小儿严重急性呼吸综合征目前尚无特异性治疗方法，主要以综合性治疗为主。通过药物治疗改善典型症状以及并发症，对于严重患儿还需要采取氧疗。
一、药物治疗
1、热镇痛药：体温超过38.5℃、全身酸痛明显的患儿，可使用物理降温措施或给予解热镇痛药，如布洛芬。
2、抗病毒药：可用利巴韦林、洛匹那韦利托那韦等抗病毒药物，可对冠状病毒有一定抑制作用，但需要遵医嘱用药。
3、抗生素：大环内酯类抗生素如阿奇霉素，可静脉滴注5天，停药3天，为1个疗程。根据病情可考虑再用1～2个疗程，若出现其他细菌感染，视情况选用第一代或第三代头孢菌素。
4、免疫调节药：人血丙种球蛋白，静脉滴注3～5天。重症患儿可考虑用血浆，连用3～5天。
5、肾上腺皮质激素：严格除外禁忌症后，重症患儿(高热、咳重、气促、胸部X线片改变明显且进展快，或伴有其他脏器损害)在加强支持治疗的前提下可选用，如甲泼尼龙或选用地塞米松。
6、止咳化痰药：咳嗽、咳痰者给予异丙嗪(非那根)等镇咳、祛痰药。
二、手术治疗
小儿严重急性呼吸综合征一般无手术治疗。
三、其他治疗
一般给予鼻导管给氧(1L)，小婴儿给予头罩给氧(3～5L)，保证氧饱和度＞97%。气促明显、轻度低氧血症者应及早给予持续鼻导管吸氧。给氧应注意患儿的依从性，根据病情可间断给氧，间断给氧持续时间应到疾病恢复期。