小儿中毒型痢疾潜伏期通常为1~2天，但可短至数小时，长达８天。起病急骤，突发高热，常在肠道症状出现前发生惊厥，短时期内即可出现中毒症状。由于全身各脏器微循环障碍程度不同，临床上可表现出为休克型、脑型、肺型、混合型，可伴有多器官功能不全等。
1、休克型(皮肤内脏微循环障碍型)：主要表现为感染性休克。初起面色灰白、唇周青灰、四肢冷、指趾甲白、脉细速、心率增快。后期出现青紫、血压下降、尿量减少、脉细速或细弱，甚至不能触及，心音低钝、无尿，重者青紫严重、心率减慢、心音微弱、血压测不出。
2、脑型(脑微循环障碍型)：病初起时小儿烦躁或萎靡、嗜睡，严重者出现惊厥，惊厥可反复发作，病初发作前后神志清楚，继之可转入谵妄昏迷，并可在持续惊厥后呼吸突然停止，这是由于脑细胞缺氧引起脑水肿产生脑疝所致。眼底检查可见小动脉直径变细，小静脉淤血扩张。此型较重，病死率高。
3、肺型(肺微循环障碍型)：主要表现为呼吸急促、发绀等，严重者出现意识障碍，以肺微循环障碍为主，常由中毒型细菌性痢疾的休克型或脑型发展而来，病情危重，病死率高。
4、混合型：上述两型或型同时存在或先后出现，表现面色灰白、唇周青灰，为呼吸困难、神志不清，严重者出现意识障碍、呼吸困难等。此型极为凶险，病死率更高。