小儿糖吸收不良综合征患儿在饮食方面需严格遵医嘱调整饮食，避免进食糖不耐受的食物。少量多餐，食用不含乳糖的奶粉及水解蛋白饮食。
（1）先天性葡萄糖、半乳糖吸收不良，可给不含糖的豆奶，另加5%左右果糖喂养，2~3岁后病儿吸收功能常有所恢复，可耐受小量淀粉及乳糖，但含淀粉及乳糖的食物可加至什么程度，需医生与家属共同作出努力，反复试验。
（2）蔗糖-异麦芽糖吸收不良，自幼即须限食蔗糖，即可不引起症状，如奶制品中不加蔗糖，可用葡萄糖代替，也忌服含糖浆的药物。随着儿童成长可渐放松对蔗糖的严格限制，但需反复试验。一般无需限制淀粉，因淀粉中含1,6糖苷键的支链寡糖的成分很少。
（3）先天性乳糖酶缺乏，病儿禁食乳糖，包括各种乳类及含乳的食品。婴儿可用不含乳糖的奶粉、豆奶粉或代乳粉喂养，也可购买豆浆＋葡萄糖，按牛奶需要量计算喂养。
（4）继发性双糖酶缺乏，多数病儿只需暂时限食乳糖或给低乳糖奶，如发酵奶或低乳糖奶粉有的则需同时限制蔗糖。原发病恢复后2~3周内多数病儿双糖酶功能逐步恢复，即可逐渐恢复正常饮食。小儿肠炎在急性期检测有60%~70%有乳糖酶缺乏，但是随着急性肠炎的康复，乳糖酶功能也很快恢复正常，所以急性肠炎时并不需要常规应用或低乳糖饮食。或低乳糖饮食只用在迁延与慢性腹泻久治不愈者，或检测伴有乳糖酶缺乏的患儿。
（5）继发性单糖吸收不良，较少见，需在饮食中去除所有糖，病程中维持足够热卡有困难，代谢性酸中毒不易控制，此时常需由静脉暂时补充一定热卡，待病人恢复，可逐渐恢复正常饮食。
（6）乳制品可选择酸奶，因为酸奶中的乳糖约有75%已通过发酵而被水解成单糖(半乳糖和葡萄糖)，因此比等量的牛奶有更好的耐受性。