新生儿乙型肝炎的病因是乙型肝炎病毒感染，与乙肝表面抗原阳性的母亲通过母婴垂直传播和水平传播有关，极少数新生儿通过输注血液制品而感染乙型肝炎病毒，好发于母亲为乙型肝炎患者或乙肝病毒携带者的新生儿。
新生儿乙型肝炎主要的病因是乙型肝炎病毒在子宫内、出生时以及产后传播给婴儿。乙型肝炎病毒为有包膜的双链DNA病毒，抵抗力很强，对高温、低温、干燥、紫外线和一般消毒剂均能耐受，在-20℃很稳定，活性可保存20年，在56℃尚可存活6小时，反复冻融、腐败或以酸碱处理，仍可保持其抗原性，因而有很强的传播活力和传染性。