小儿紫斑湿疹综合征的病因和发病机制复杂，目前尚不明确，可能由遗传因素或孕期接触辐射或毒物，导致患儿机体免疫功能异常引起，通常好发于有家族病史的男婴。
1、遗传因素：该病为X染色体上基因改变，导致表达WASP蛋白异常，从而造成造血细胞形态和功能异常，进而引起患儿血小板减少、免疫细胞功能异常。
2、接触辐射或毒物：如孕妇接触过放射性物质或化学毒物，可能影响胎儿发育，导致胎儿出现基因突变、染色体改变，从而引起发病。