1、实验室检查：包括血常规、粪常规检查，过敏原、血清的免疫球蛋白(IgG、IgA、IgM)和炎症因子IL－6、IL-13检测等。
2、钡灌肠检查：主要是用来检查肠道有无异常情况，如溃疡、肠腔狭窄或结肠短缩。
3、电子结肠镜检查：是一种简便易行的检查方法，可发现直肠指检无法摸到的位置较高的病变，同时对可疑病变取组织活检，明确性质。结肠镜检查发现一个以上的下述表现，病变多从直肠开始，呈连续性、弥漫性分布，黏膜血管脆变、脓性分泌物附着，点状出血、弥漫性、多发性炎性糜烂、溃疡；慢性病变者可见结肠袋囊变浅、变钝或消失，假息肉及桥形黏膜等。
4、黏膜病理学检查：活动期炎性细胞、中性粒细胞、嗜酸性粒细胞浸润，隐窝上皮细胞间有中性粒细胞浸润、脓肿，隐窝杯状细胞减少，黏膜表层糜烂、溃疡形成、肉芽组织增生；缓解期隐窝排列紊乱(扭曲分枝)、萎缩，潘氏细胞化生。
5、免疫功能检查：包括体液免疫、细胞免疫、免疫复合物检查，可见免疫球蛋白升高，T淋巴细胞数和比率、淋巴细胞转换率降低，在血清中可找到多种非特异性的抗结肠抗体，结肠黏膜中可见血红蛋白G、补体和纤维蛋白原沉积的免疫复合物。