胎粪性便秘的治疗较为保守，由于新生儿饮食的特殊性及药物的局限性，治疗以润肠通便为原则。多采用灌肠或橡胶管肛门刺激法等刺激直肠或结肠，诱导其蠕动并促进胎粪排空，可结合腹部抚触治疗，使缓解症状并防止并发症的发生。
一、药物治疗
1、开塞露灌肠：开塞露可润滑刺激肠壁并软化胎粪，是目前临床上常用的通便药物。每次5ml轻轻注入肛门，保留数分钟即可起效。一般使用开塞露加等量生理盐水稀释后灌肠，可能精确控制药液剂量，减少新生儿灌肠次数及灌入肠道的液体量且不易损伤黏膜。
2、等渗温盐水灌肠：用等渗温盐水，每次15~30ml灌肠，轻轻注入肛门，保留数分钟即可见效。可刺激肠壁、促进肠蠕动，促使患儿排出胎粪，有效缓解临床症状。
3、胰酶肠溶胶囊联合应用开塞露灌肠：胰酶肠溶胶囊打开胶囊溶解后口服，联合使用开塞露灌肠。
4、开塞露混合等量生理盐水灌肠：可减少新生儿灌肠次数及灌入肠道的液体量，减轻新生儿的不适感，为新生儿及时排出胎粪及降低黄疸发生率可起到重要作用。
二、其他治疗
1、早期橡胶肛管肛门刺激：采用无菌橡胶肛管，将其前端涂抹适量婴儿润滑油，使新生儿双腿屈曲，并缓慢的将肛管插入肛门3cm左右，沿着肛门壁轻柔的转动10分钟左右，即可见效。
2、扩肛器刺激肛门法：根据早产儿的胎龄及体质量，选择型号合适的经高压灭菌处理的扩肛器，一般胎粪性便秘的早产儿持续刺激时间约为3~5天，对于肛门狭窄的早产儿持续扩肛时间为3个月。可减少开塞露灌肠的次数，避免开塞露灌肠引发的不适及并发症，且无任何不良反应和并发症。
3、新生儿抚触治疗：患儿全身裸露于28~30℃的环境中，保持室内空气清新，湿度为50%~60%，抚触过程中要观察患儿表情、皮肤颜色、是否哭闹等。每天上午、下午和晚上各一次，在婴儿进食后一小时进行，每次时间为10分钟。