小儿营养性缺铁性贫血主要以补充铁剂和去除病因为原则，治疗目的不仅是纠正缺铁性贫血。还应储存足够的铁，以备后用，症状严重者需输红细胞缓解。小儿营养性缺铁性贫血经临床一般治疗和药物治疗后，约在8周后恢复正常。
一、一般治疗
多数发病的原因是饮食不当，对饮食不当者应纠正不合理的饮食习惯，平衡饮食，有偏食习惯者应予纠正。如有慢性失血性疾病，如钩虫病、肠道畸形等，应予及时治疗。
二、药物治疗
1、铁剂治疗：
（1）口服铁剂：铁剂是治疗缺铁性贫血的特效药，其种类很多，一般以口服无机铁盐是最经济、方便和有效的方法。二价铁盐容易吸收，故临床均选用二价铁盐制剂。常用的口服铁剂有硫酸亚铁，含铁量20％，价格低，疗效好，应为首选。富马酸铁，含元素铁33％、葡萄糖酸亚铁，含元素铁12％、琥珀酸亚铁，含元素铁35％。
（2）注射铁剂：注射铁剂较容易发生不良反应，甚至可发生过敏性反应致死，故应慎用。其适应症为诊断肯定但口服铁剂后无治疗反应者，口服后胃肠反应严重，虽改变制剂种类、剂量及给药时间仍无改善者。由于胃肠疾病胃肠手术后不能应用口服铁剂或口服铁剂吸收不良者。常用注射铁剂有山梨醇枸橼酸铁复合物，专供肌肉注射用，右旋糖酐铁复合物为氢氧化铁与右旋糖酐铁复合物。可供肌肉注射或静脉注射，葡萄糖氧化铁，供静脉注射用。
2、补充维生素C：维生素C可使三价铁还原成二价铁，使其易于溶解，故于服用铁剂的同时，最好服用维生素C。若于服铁剂前4小时服用维生素C，则无此种作用。
三、手术治疗
小儿营养性缺铁性贫血一般无需手术治疗。
四、其他治疗
一般不必输红细胞，输注红细胞的适应症是贫血严重，尤其是发生心力衰竭者、合并感染者、急需外科手术者。