小儿卡斯钦-贝克病的病因尚不确切，主要怀疑与饮用水中有机物污染、病区的生态环境和真菌毒素有关。主要好发于硒缺乏的地区，食用霉变产品的人群，尤其是家族史阳性的儿童和青少年。
1、病区饮用水中有机物污染：饮水里的有机物中的阿魏酸、对羟基桂皮酸或黄腐酸可能为致病因素，但尚缺乏充分的流行病学和实验研究资料的支持。
2、病区生态环境：目前主张病区水土和主副食中含磷、锰过多而致病，同时低硒也是本病发病的一种条件因素，因为本病早期病变程度与硒水平之间有明显的剂量效应关系。
3、真菌毒素：病区谷物被污染并形成耐热的毒性物质，居民因食用含此毒物的食物而得病。但目前各病区谷物中的真菌不同，粮食中真菌毒素的检测结果也不尽一致。