小儿卡氏肺囊虫肺炎的临床症状包括特征性呼吸系统症状即咳嗽及呼吸困难、发热，以及食欲不振、疲乏无力等原发病导致的消耗性症状。本病可合并出现生长发育迟缓、心功能不全、肺纤维化。
一、典型症状
1、呼吸系统症状：常出现于发热之后，以咳嗽和进行性呼吸困难，以至呼吸衰竭为特征。可出现刺激性干咳伴气促、鼻扇、三凹征，呼吸60～80次/分，呈进行性呼吸困难，两肺呼吸音粗糙，未闻及干湿性罗音。严重者呼吸窘迫、发绀，出现低氧血症。但此症状仅在较大儿童中明显，在新生儿中常不典型，可存在呼吸困难严重而肺部体征不明显的现象，仅仅表现为呼吸音稍粗，听诊无明显啰音。有的患儿在死前也未发现明显的肺内阳性体征。
2、发热：较大儿童常起病急骤，可出现突起发热，体温38～40℃。而婴儿多表现为持续低热。
3、小婴儿特殊症状：多出现于新生儿及1～6个月的小婴儿，起病缓慢，首发症状为吃奶不好、烦躁不安、咳嗽、呼吸增快及发绀，而发热不显著。听诊时啰音不多，1～2周内呼吸困难逐渐加重。肺部体征少，与呼吸窘迫症状的严重程度不成比例，为本病特点之一。病程4～6周，如不治疗死亡率极高。
二、其他症状
小儿卡氏肺囊虫肺炎常伴有腹泻，严重时可出现前囟消失、神志改变等缺氧所致脑水肿症状。