小儿单纯性甲状腺肿的治疗主要是对症治疗及对因治疗，其取决于患儿甲状腺肿的大小、症状以及病因。一般需连续服药约6~12个月后，肿大的症状可明显缩小。
一、一般治疗
1、去除病因：碘缺乏者，改善碘营养状态，避免服用引起甲状腺肿大的食物或药物等。
2、病情监测：定期复查(主要做颈部超声、检测甲功)，及时了解病情变化。
二、药物治疗
1、甲状腺激素制剂：如甲状腺素片、左甲状腺素钠等，适用于各种病因引起的甲状腺肿。通过补充内生甲状腺激素的不足，缓解甲状腺体增生肿大，治疗效果较好。
2、补充碘制剂：碘缺乏者可口服碘制剂。对中度以上腺肿者，可补充碘制剂，以抑制过多的促甲状腺激素分泌，使甲状腺回缩。近年来发现滥用碘制剂，除造成碘甲亢外，还可致碘过敏或碘中毒。碘过敏常发生在有过敏史者，皮肤出现荨麻疹样皮疹，还可引起血管神经性面部四肢水肿、发热及关节痛等临床症状。碘中毒时口咽部常有烧灼感，还有恶心、呕吐、腹痛，严重者有呼吸困难。若不及时抢救，可危及生命。治疗的关键是立即停药，多数患儿的症状可逐渐缓解消失。淀粉液洗胃，即淀粉可与胃内碘中和，保护胃黏膜，减少毒性。还可用1%浓度的硫代硫酸钠溶液洗胃或静脉注射。
三、手术治疗
如腺体过大引起压迫症状，或疑有癌变者宜手术治疗。适应证：
1、甲状腺肿体积太大产生压迫症状时，可手术治疗。
2、经药物治疗无效伴有毒性症状影响心脏时，可手术治疗。
3、有恶性病变，甲状腺部分切除或全切。
术后可能发生甲状腺功能减低，需服用甲状腺片。若致病因素仍然存在时，残留的甲状腺组织仍可增生。
四、其他治疗
碘131治疗：腺体肿大出现压迫症状时，适应证：
1、药物或手术治疗后复发。
2、拒绝手术治疗或有手术禁忌症。
3、甲状腺肿大Ⅱ度以上。