小颌畸形综合征的治疗主要是对症进行治疗，出现呼吸不畅、喂养困难时调整体位，缓解呼吸道梗阻情况。患儿比较脆弱，要加强护理。出现颌面部畸形表现，可以采取手术治疗，可以应用抗生素、解热药、祛痰药、抗惊厥药、β-2受体激动剂等药物进行治疗。另外本病的治疗周期根据患者的严重程度不同而不同。
一、药物治疗
本病为先天畸形需手术治疗，药物治疗仅为治疗相关并发症或患者患者相关症状，如对于存在感染的患者，可给予抗生素控制感染，常用的有头孢曲松、头孢克肟和拉氧头孢等药物；对于感染严重，出现高热的患儿，可给予退热药物，常见的包括氨基水杨酸、对乙酰氨基酚；对于存在呼吸困难症状的患儿，可给与β2受体激动剂舒张支气管，如沙丁胺醇、特步他林。部分患儿还需要排痰治疗，常见药品如氨溴索。
二、手术治疗
手术治疗的目的是纠正畸形，并改善患儿由畸形引起的呼吸困难和喂养困难。手术治疗的原则是应在下颌骨发育完成后进行手术，根据畸形程度不同，可分别选用以下各种方法：
1、颏部充填术：适用于轻度下颌后缩，其咬合关系基本正常者。作口内切口，充填材料可采用自体骨、软骨或硅橡胶等重建下颏。
2、下颌颏部水平截骨前移术：口内切口剥离显露颏结节部，水平锯(凿)开，形成有肌肉相连的骨瓣前移至适当位置后固定。
3、下颌骨升支斜行断骨术：适用于严重下颌后缩畸形及咬合关系不良者，将下颌升起从乙状切迹至下颌角处纵形切开前移作颌间结扎固定。有错牙合者作调牙合或牙齿正畸治疗。
三、其他治疗
1、调整体位：当患儿出现呼吸困难或喂养困难时，调整体位，找到合适的位置缓解症状，一般处于俯卧位或侧卧位可以得到缓解。
2、气管切开：对于发生气道梗阻的患儿，可采用气管切开、气管插管、呼吸机辅助呼吸的治疗方式，但需要注意的是，气管切开虽可解除气道梗阻，但不能改变吞咽障碍和误吸，对严重营养不良患婴，还会带来并发症和一系列护理问题，仅作为不得已时的应急措施。