新生儿咽下综合征一般不需要治疗，患儿将羊水吐净后，1~2日内可自愈，呕吐严重者可用生理盐水或1%碳酸氢钠溶液洗胃，注意让患儿侧卧，以免吸入。
一、一般治疗
1、去除诱因：了解存在的诱因并及时消除，如科学合理对产妇使用镇静剂，并积极考虑对胎儿的影响等。
2、并发症的治疗：如吸入性肺炎、新生儿窒息等并发症时，应同时治疗，积极避免窒息而带来的新生儿致残致死风险。
二、急症治疗
吸入性肺炎：呕吐严重患儿会出现吸入性肺炎、窒息等，需要积极清理呼吸道、氧疗、抗感染、必要时呼吸机辅助通气等治疗。
三、药物治疗
1、生理盐水或1%碳酸氢钠：呕吐者可用1%碳酸氢钠溶液或生理盐水洗胃，并查血电解质、血糖、血气等，称体重，以维持内环境的稳定。一般治疗1～2次后即可痊愈，一般不需其他治疗，呕吐明显者可给与静脉补液治疗。
2、其他：呕吐物中含有血液的可酌情给与维生素K1及其他止血药物对症治疗。
四、手术治疗
本病无需手术治疗。