小儿尿石症的治疗主要根据患者的病情而定，病情较轻可选择药物治疗和饮食治疗相结合；病情严重者建议及时进行手术摘除结石。
一、药物治疗
1、排石颗粒、尿石通丸：患儿结石小于0.6厘米、表面光滑、结石以下尿路无梗阻时可采用药物排石治疗。临床常用排石药物包括尿石通丸、排石颗粒等纯中药制剂。此类药物可增大尿量、松弛平滑肌、解痉止痛、促进结石排出。
2、石淋通片：此类药物具有清热利湿、通淋排石的功效。用于湿热下注所致的热淋、石淋，症见尿急、尿频、尿痛或尿有砂石。服用该药忌食辛、燥、酸、辣食物。
二、手术治疗
1、经体外震波碎石术：通过机器发出的冲击波可将结石打碎，打碎后的结石可自行排出体外。
2、耻骨上膀胱切开取石并造瘘术：若膀胱结石巨大且僵硬、膀胱内异物合并形成的结石、伴有膀胱或尿道其他病变的尿石症患儿可采用此方法治疗。
3、输尿管切开取石术：用于治疗结石过大、已经并发感染或梗阻者，或药物治疗无效的患儿。适用于有严重临床症状的输尿管结石患儿。
三、其他治疗
大量饮水可稀释尿液，以抑制结石生长，防止结石复发，预防和缓解尿路感染，是治疗尿结石最简单有效的办法。