对于小儿多发性肾小管功能障碍综合征的患者，主要通过药物对症治疗缓解患儿佝偻病、酸中毒等症状。对于出现骨骼畸形的患者可进行手术治疗，对于尿量过多的人群进行补液，小儿多发性肾小管功能障碍综合征一般需要长期持续性治疗。
一、药物治疗
1、维生素D：主要用于出现佝偻病症状的患儿，缓解患儿佝偻病的症状，但高钙血症的患者应慎用。
2、钾盐：主要用于出现低钾血症的患者，补充患者体内的钾离子，但患儿尿量较少或无尿时时应慎用或禁用。
3、利尿剂：主要适用于出现水肿、血压升高的患者，消除体内过多的水分，消除水肿，降低血压。
二、手术治疗
骨骼矫正术：主要适用于出现骨骼畸形的患者，手术进行矫正患者的畸形，效果良好。
三、其他治疗
补液：适用于尿量较多的患者，通过静脉补充患者丢失的液体量，以防出现脱水。