青少年及小儿阴道透明细胞癌受母亲影响较大。母亲在妊娠前3个月内接受雌激素治疗，是目前较为公认的危险因素。致癌因子潜伏期可长达10~20年，至青春期受卵巢分泌的内源性激素影响易诱发本病。
本病目前较为公认的病因是母亲孕期有雌激素治疗史。己烯雌酚对女性后代可能有阴道透明细胞癌的副作用。患者母亲在妊娠期前3个月内使用雌激素，即使仅使用1~2个月，其后代发生阴道透明细胞癌的概率也远远超出没有使用的人。