小儿原发性膀胱输尿管反流的原因主要与膀胱输尿管瓣膜发育异常有关，可能与不稳定性膀胱、非神经源性神经性膀胱、遗传因素有关，好发于排尿功能异常、有家族史的人群，反复泌尿道感染、不良排尿习惯可诱发本病。
一、主要病因
1、膀胱输尿管瓣膜发育异常：在胚胎发育中，输尿管芽萌出的位置决定最终输尿管在膀胱的开口位置，过早萌出，导致输尿管开口位置外侧移位，膀胱壁段变短；萌出较晚，与膀胱壁结合迟，导致开口异位，从而导致膀胱输尿管瓣膜发育异常，瓣膜功能不全，发生反流。
2、不稳定性膀胱：是膀胱功能亢进的表现，膀胱内压力明显升高，可能导致瓣膜功能受损，从而出现尿液反流。
3、非神经源性神经性膀胱：多是由于不良排尿习惯，排尿功能异常，喜憋尿，最终导致排尿困难，尿潴留，增加膀胱压力，损伤瓣膜功能。
4、遗传：近年来研究表明可能与遗传有关，推测为常染色体显性遗传，可能与配对盒基因2有关，但仍存在争议。
二、诱发因素
反复泌尿道感染，炎症可逐渐损伤瓣膜功能，不良排尿习惯、憋尿可增加膀胱压力，损伤瓣膜功能。