婴儿肉毒中毒综合征是因婴儿摄入肉毒梭菌芽孢，芽孢在婴儿肠道内发芽、定植，并产生热不稳定的神经毒素，引起一系列以末梢神经功能渐进性损伤为主的中毒症状。可因摄入了被肉毒杆菌毒素污染的未适当存储或加工的食物而引起，也可因创伤引起。
一、主要病因
该病致病菌为革兰阳性厌氧肉毒状芽胞杆菌，毒素为嗜神经毒，可阻断周围神经触突释放乙酰胆碱使神经肌肉接头处传导发生障得，致使全身骨骼肌软瘫。婴儿肠道缺乏正常菌群的保护以及抑制梭菌的胆汁酸，由于摄入肉毒梭菌芽孢在婴儿的肠道出芽、繁殖，产生毒素，导致肉毒中毒。
二、诱发因素
1、食用蜂蜜及蜂蜜相关食品：蜂蜜是唯一被确认为污染肉毒芽孢的高风险食品，与B型肉毒中毒密切相关。在蜂蜜中肉毒梭菌的含量约为每公斤含104个芽孢。一项调查显示，10%(9/90)的蜂蜜样品中可检出肉毒芽孢。
2、使用配方奶粉：有报道显示，婴儿配方奶粉也可能是导致婴儿型肉毒中毒的原因之一。调查显示，年龄小于4周的肉毒中毒婴儿，通常生病前只摄入配方奶粉和其他食品，导致肠道内菌群不能抑制肉毒芽孢的繁殖。而母乳喂养的婴儿粪便是酸性，且含有大量的双歧杆菌，梭菌非常少见。
3、环境因素：环境中的肉毒梭菌芽孢也是婴儿肉毒中毒的重要因素，干燥的气候环境、多风的环境、居室的装修等，都是促进芽孢菌传播的因素。