1、血培养：血细菌培养阳性是诊断小儿感染性心内膜炎的重要依据，凡不明原因的发热、体温持续在1周以上，且原有心脏病者，均应反复多次进行血培养，以提高阳性率。若血培养阳性，尚应做药物敏感试验。
2、超声心动图：小儿感染性心内膜炎的特征性表现，发生于心内膜或瓣膜之上，导致局部受到损伤，进而出现穿孔等并发症，超声心动图能够检出直径大于2mm以上的赘生物，还可动态观察赘生物的大小、形态、活动和瓣膜功能状态，了解瓣膜损害程度，对决定是否做换瓣手术有参考价值。
3、CT：对怀疑有颅内病变者应及时进行CT检查，了解病变的部位和范围。
4、其他：血常规可见进行性贫血，多为正细胞性贫血，白细胞数增高，中性粒细胞比例升高，血沉加快，C-反应蛋白阳性，血清球蛋白常增多，免疫球蛋白升高，循环免疫复合物及类风湿因子阳性，尿常规有红细胞，发热期可出现蛋白尿。