1、体格检查：医生首先对患儿进行详细的体格检查，重点做神经系统检查，通过体格检查了解患儿有无全身肌肉痉挛、四肢或上下肢偏瘫、共济失调、震颤、生长障碍、发育迟缓等神经系统损伤的症状体征。
2、实验室检查：
（1）血常规检查：医生通过抽取患儿外周静脉血行血常规检查，本病患儿血常规白细胞数正常，但淋巴细胞百分率极低(<10%)，T细胞功能在出生时可正常，随着年龄增长T细胞数常可低至1%～3%，T细胞增殖反应亦明显下降，多数患者B细胞百分率，免疫球蛋白水平和特异性抗体正常，血液Ig水平，B细胞和浆细胞数基本正常，外周血中T细胞数，Ts细胞数减少，淋巴细胞的PHA转化，同种异体混合淋巴细胞反应降低，迟发型变态反应阴性。
（2）尿液检查：医生通过留取患儿尿液行实验室检查，发现尿中尿酸排出减少，而有鸟苷，脱氧鸟苷和肌苷，脱氧肌苷排出增加，可辅助诊断该病。
3、细胞学检查：
（1）外周血检查：医生采取患儿外周血行细胞学检查，可淋巴细胞内三磷酸脱氧鸟苷增高，测定红细胞溶解液的嘌呤核苷酸磷酸化酶活性确诊该病，红细胞中缺乏嘌呤核苷酸磷酸化酶是本病的确诊指征。
（2）羊水穿刺检查：医生会用一个比较细长的针头，经过孕妇的腹壁、子宫壁进入到羊膜腔内，抽取一定量的羊水，然后拔出针头，用纱布包扎，抽取的羊水来进行化验。通过羊水和羊毛膜细胞中的酶活性降低可作产前诊断。
（3）DNA测序：可通过上述两种方法取样行DNA测序，医生可通过该测序直接检测患儿DNA分子缺陷。
4、病理活检：医生在B超下定位。浅部的淋巴结组织或胸腺部位可以用手摸到，固定后用针穿刺，在针穿刺的过程中需要反复穿刺。主要通过胸腺及淋巴结病例活检检测，显示胸腺发育不良，缺乏胸腺小体，淋巴结胸腺依赖区发育不良，淋巴细胞稀少；非胸腺依赖区含有丰富的淋巴细胞和浆细胞。可辅助诊断本病。
5、影像学检查：如脑CT、胸部X线等，可检查脑部有无异常以及胸部有无病变及病变范围。