由于前列腺发育不良的发病情况主要是先天的遗传因素在起主导作用，所以目前主要采取雄激素替代疗法。
一、药物治疗
雄激素替代疗法：症状较轻的选择雄激素替代治疗，由于前列腺发育不全与雄激素水平下降有关，所以对于轻度发育不全者补充雄激素可能有效，如苯丙酸诺龙、丹哪唑、甲氧基雄酮、氧雄酮、甲基雄烯二酮。
二、手术治疗
严重前列腺发育不全者可能存在外生殖器与认定的性别严重不符，最常见的畸形包括尿道下裂，此时可由有经验的整形外科医生进行手术矫正。