胎粪性便秘多为非器质性病变，由于稠厚的胎粪秘结而形成粪塞。另外，患儿有颅脑损伤、败血症、巨结肠等疾病，也可引起胎粪性便秘。
一、主要病因
胎粪性便秘的病因为新生儿胎粪积集于乙状结肠及直肠内引起，多为非器质性病变。
1、胎粪成分复杂，主要由胃肠分泌液、胃肠黏膜脱落的上皮细胞、胎脂角化上皮细胞、脂肪等组成，因此比较黏稠，易形成粪塞。
2、喂养量少、禁食或无母乳而依赖配方奶喂养的患儿，可因食物对胃肠道刺激较小或其中含有大量脂肪、蛋白质等增加粪便黏滞度的成分，可造成胃肠蠕动功能降低。
3、早产儿消化系统发育尚未完善，胃肠蠕动功能差，小肠几乎无推进活动，腹肌张力弱等，最终造成稠厚的胎粪秘结在乙状结肠和直肠内，48小时以上仍不能排出，引发胎粪性便秘。
二、诱发因素
1、胃肠蠕动功能降低：喂养量少、禁食、无母乳而依赖配方奶喂养的患儿及产前应用麻醉剂或硫酸镁，可造成新生儿肌张力降低。
2、消化系统发育尚未完善：早产儿的胃肠蠕动功能差，小肠几乎无推进活动，腹肌张力弱，故易发便秘。
3、新生儿严重基础疾病：本病多见于患有呼吸窘迫、颅脑损伤、败血症、甲状腺功能低下症、巨结肠等病的新生儿。