婴幼儿化脓性淋巴结炎主要病因为上呼吸道感染、扁桃体炎、牙病、颜面部疖痈、口腔黏膜损伤等，好发于免疫能力低下人群、婴幼儿，主要通过空气传播、接触性传播，聚集性感染、受凉因素等可以诱发本病。
1、上呼吸道感染：上呼吸道感染有20%～30%由细菌引起。细菌感染可直接引起化脓性淋巴结炎或病毒感染后继发细菌感染均可导致本病，以溶血性链球菌为最常见的病原体，其次为流感嗜血杆菌、肺炎球菌、葡萄球菌等，偶为革兰阴性细菌。
2、扁桃体炎：由于细菌及分泌物积存于扁桃体窝导致扁桃体炎。致病菌主要为链球菌或者葡萄球菌。当扁桃体炎感梁严重或者治疗不及时可能会导致婴幼儿化脓性淋巴结炎的发生。
3、牙病：牙病种类大概有10种，牙残冠、残根感染，牙神经坏死的死髓牙，慢性牙周炎、根尖周炎、牙龈炎，感染的颌骨囊肿，各种口腔面部的间隙感染、颌骨骨髓炎等。当牙病严重时容易引发婴幼儿化脓性淋巴结炎的发生。
4、颜面部疖痈：皮肤损伤、糜烂等造成细菌侵入及繁殖，因此而引起的单个毛囊及其毛囊周围的急性化脓性炎症称疖，其病变局限于皮肤浅层组织。贫血、慢性肾炎、营养不良、糖尿病、长期使用糖皮质激素以及免疫缺陷者，均易并发疖痈。此类患儿可并发局部化脓性淋巴结炎。
5、口腔黏膜损伤：口腔内黏膜的损坏，具体症状为口舌溃烂、舌体干裂、声音嘶哑、口干口苦，继面引发口腔扁平苔藓、口腔炎，严重时可引起化脓性淋巴结炎。
6、麻疹、猩红热：某些急性传染病如猩红热、麻疹等也可继发细菌感染，引发该病。