小儿蓝尿布综合征的病因为遗传物质异常引发的色氨酸代谢异常及吸收障碍。多见于存在小儿蓝尿布综合征家族遗传史、近亲结婚的后代儿童。
小儿蓝尿布综合征为先天性代谢异常性疾病，为常染色体隐性遗传，也可能是性连锁遗传。其病因是患者体内色氨酸代谢异常。因肠道对色氨酸的吸收障碍，色氨酸在胃肠道内吸收不良，并经细菌作用转化为吲哚最终以尿蓝母形式排出，尿蓝母暴露于空气被氧化成尿蓝，进而出现排泄蓝色尿液并把襁褓染成蓝色的现象，病理检查可见肾脏有广泛的灶性钙沉积，肾髓质尤其明显。