小儿支原体肺炎的主要症状是发热、咳嗽，发病初期全身不适、乏力、头痛，2~3天后出现发热，病程长的患儿可能还会出现呼吸困难、喘憋、喘鸣音等，情况严重者还可并发溶血性贫血、肾炎、吉兰-巴雷综合征等并发症。
一、典型症状
1、发热：热度不一，可呈中度热、高热或低热，患儿最初全身不适乏力、头痛，2~3天后出现发热，体温可高达39℃，持续1~3周，伴有咽痛和肌肉酸痛。
2、咳嗽：咳嗽是小儿支原体肺炎较为突出的症状，病后2~3天开始，初期干咳，后转为顽固性咳嗽，常伴有黏稠痰液，大多数持续1~4周。
3、拒绝吃奶、呕吐、吐奶：本症是小婴儿支原体肺炎最早期的症状，新生儿和小婴儿的嘴唇上会出现细小、绵密的白沫，这是新生儿患病的常见症状。
4、上消化道出血：呕吐物是棕色，排便是亮黑色，像柏油。
二、其他症状
病情较重、病程长的患儿可能还会出现呼吸困难、胸闷、胸痛、喘憋、喘鸣音、双下肢水肿、尿量减少等，部分患儿会出现皮疹。