小儿缺铁性贫血的病因较为复杂，可以从先天储铁不足、铁摄入量不足、生长发育因素、铁的吸收障碍、铁的丢失过多来分析其病因，多发于6~24个月的婴幼儿。
一、主要病因
1、先天储铁不足：胎儿从母体获得的铁以妊娠最后3个月最多，故早产、双胎或多胎、胎儿失血和孕母严重缺铁等均可使胎儿储铁减少。
2、铁摄入量不足：这是缺铁性贫血的主要原因，人乳、牛乳、谷物中含铁量均低，如不及时添加含铁较多的辅食，容易发生缺铁性贫血。
3、生长发育因素：婴儿期生长发育较快，5个月时和1岁时体重分别为出生时的2倍和3倍。随着体重增加，血容量也增加较快，1岁时血液循环中的血红蛋白增加2倍。未成熟儿的体重和血红蛋白增加倍数更高。如不及时添加含铁丰富的食物，则易致缺铁。
4、铁的吸收障碍：食物搭配不合理可影响铁的吸收，慢性腹泻不仅会使铁的吸收不良，而且会增加铁的排泄。
5、铁的丢失过多：正常婴儿每天排泄铁量相比成人多，每1毫升血含铁约0.5mg，长期慢性失血可致缺铁。如肠息肉、梅克尔憩室、膈疝、钩虫病等可致慢性失血，用不经加热处理的鲜牛奶喂养的婴儿可因对牛奶过敏而致肠出血(每天失血约0.7ml)。
二、诱发因素
意外大量失血，导致铁供应量不足，从而造成小儿缺铁性贫血。