小儿尼曼皮克病是一种罕见的常染色体隐性遗传，主要由基因突变引起。本病好发于有遗传因素的人群，暂无明确诱发因素。
基因突变：
1、A型及B型是由于ASM基因突变造成ASM活性减低，导致酸性鞘磷脂不能降解成为神经酰胺及磷酸胆碱而在单核巨噬细胞内储积形成尼曼-皮克细胞，此类细胞在单核巨噬系统的器官组织内大量增生聚积，引起肝、脾及淋巴结等脏器肿大。
2、C型及D型在目前已知有两个致病基因，NPC1及NPC2，NPC1此基因已定位于18q11，并已定位克隆分离。C型与D型为同一基因NPC1突变所致。