侏儒-视网膜萎缩-耳聋综合征的主要病因为常染色体隐形遗传的DNA修复障碍，本病好发于有本病阳性家族史且父母近亲结婚的群体。
遗传因素：发病机制尚不明了，多认为与遗传缺陷与DNA修复缺陷有关。异常基因在染色体第20对上，呈三体性。可能是先天性因素致中枢神经发生代谢异常，或者是脑白质营养不良。该病患者细胞内转录耦合核苷酸切除修复功能缺陷，是一种DNA修复障碍的疾病。