小儿叶酸缺乏病的治疗主要以补充叶酸和维生素C为主，同时去除病因及改善饮食是保障不再复发的重要措施，选择易消化、富有蛋白质、叶酸的食物。
一、一般治疗
1、去除病因、改善饮食：去除病因及改善饮食是保障不再复发的重要措施。了解存在的病因并及时消除，如停服甲氨蝶呤、苯妥英钠等。选择易消化、富有蛋白质、叶酸的食物，如新鲜蔬菜、水果、豆类等。
2、合并症的治疗：如有合并青光眼、乳腺癌等并发症时要同时予以治疗。如出现青光眼相应症状时，可通过应用滴眼液、激光手术等进行治疗，如出现乳腺癌等症状，可通过化疗、靶向治疗等方式进行治疗。
二、药物治疗
1、口服叶酸、维生素C：口服叶酸，因维生素C可促进四氢叶酸转化，可加服维生素C。治疗1~2天后即可见食欲、精神改善，网织红细胞上升，至4~7日达高峰，于2~6周恢复正常。叶酸的疗程常需数月，即用至体内年老红细胞均被新生富含叶酸的红细胞替代为止。同时注意叶酸治疗前，应排除维生素B12缺乏。
2、铁剂：血象恢复期宜加铁剂(如硫酸亚铁)来弥补造血旺盛后铁不足。
3、补钾：严重患儿在治疗开始48小时，血钾可突然下降，加之心肌因慢性缺氧，可发生突然死亡。因此，严重巨幼红细胞性贫血患儿，治疗时应同时给钾。
4、甲酰四氢叶酸：对于在应用抗叶酸或抗癫痫药物，或者患亚甲基四氢叶酸还原酶基因缺陷的患儿，需要加大叶酸剂量，如肌内注射甲酰四氢叶酸，则可更有效地减少抗叶酸药物的副作用。
三、手术治疗
本病一般无需手术治疗。