小儿神经源性膀胱功能障碍患儿可以通过乙酰胆碱、溴丙胺太林片、奥昔布宁等药物进行治疗，部分患者还可以使用经尿道外括约肌切开术或神经根切断术、膀胱颈悬吊术、单层肠浆肌层膀胱加强术、胃(肠)膀胱扩大成形术等方式进行手术治疗，一般本病需要长期间歇性治疗。
一、病因治疗
1、积极治疗原发疾病，如肿瘤等疾病，需先摘除肿瘤。
2、若为脑膜炎等感染性疾病引起的小儿神经源性膀胱功能障碍，应先控制感染。
二、药物治疗
1、乙酰胆碱：乙酰胆碱是一种神经递质，适用于尿潴留或尿道括约肌失调的患者，可以使泌尿道平滑肌蠕动增加，收缩膀胱逼尿肌，降低膀胱容积，使膀胱排空。
2、溴丙胺太林片：是一种抗胆碱药，可以降低膀胱逼尿肌的收缩，适用于逼尿肌反射亢进的患者，有药物过敏史、青光眼病史及尿潴留患者禁用。
3、奥昔布宁：主要作用于副交感神经系统，兼有抗胆碱及松弛平滑肌的作用，适用于尿频、尿急、复发性尿道炎的患者，可有口干、皮肤潮红、排尿困难等副反应。
三、手术治疗
1、经尿道外括约肌切开术或神经根切断术：适用于膀胱出口阻力过高的患者，可以降低膀胱出口阻力，促使膀胱排空。
2、膀胱颈悬吊术：是一种增加膀胱出口阻力的手术，可用于膀胱出口阻力低伴有逼尿肌障碍的尿***患者。
3、单层肠浆肌层膀胱加强术：可以增加膀胱逼尿肌收缩能力，促进逼尿肌神经的再分布，重新建立排尿反射，促进排尿。
4、胃(肠)膀胱扩大成形术：适用于膀胱容量较小且有尿潴留的患者，是一种增加膀胱容量的手术，可减少排尿次数，增加尿量，可有尿路感染、尿痛等并发症。