脑发育不良目前仍缺乏病因治疗，临床中主要遵循对症治疗为主的治疗原则，如抗癫痫药物、矫形术等治疗。
一、药物治疗
以对症治疗为主，新生儿等用药应考虑药物对整体发育的影响，如小脑发育不良出现共济失调者可选择5-羟色胺能药物等改善症状，B族维生素、三磷酸腺苷等有助于改善脑功能和代谢；发生癫痫者使用抗癫痫药物，如卡马西平、苯妥英钠等。
二、手术治疗
脑发育不良患者一般无相关手术治疗措施。