小头症的治疗要视疾病的发展阶段而定，常需要进行药物治疗，必要时可联合言语治疗。存在颅缝早闭的患儿，可早期进行颅骨手术，避免发展。
一、药物治疗
丙戊酸钠：患者出现癫痫发作的症状时，及时服用抗癫痫药物，但是注意及时检测肝肾功能，肝肾功能障碍的患者应当禁用。
二、手术治疗
合并颅缝早闭的患儿，可通过颅骨手术改善，避免引起小头症。
三、其他治疗
言语治疗：患者出现发育迟缓、智力障碍的时候往往伴有言语障碍，通过言语治疗锻炼患者的言语沟通能力，缓解患者的症状。