脑发育不良患者的主要症状为运动障碍及姿势异常，常合并智力障碍、癫痫、感知觉障碍、交流障碍、行为异常及其他异常。
1、运动障碍：脑发育不良患者的运动能力低于同年龄的正常孩子，运动自我控制能力差。障碍程度轻的患者只是手、脚动作稍显得不灵活或笨拙，严重的患者则双手不会抓东西，双脚不会行走，有些患者甚至不会翻身、坐起、站立以及正常的咀嚼和吞咽。
2、姿势障碍：脑发育不全患者身体的各种姿势异常，姿势的稳定性差，在运动时或静止时姿势别扭，左右两侧不对称，有些严重的病例头部常不能像正常的孩子那样处于坚直正中位置，而是习惯于偏向一侧或者左右前后摇晃。
3、智力障碍及知觉障碍：在所有的脑发育不全患者中，智力正常的孩子约占有1/4，智力轻度、中度不足的约占1/2，重度智力不足的约占1/4。大部分患者对刺激过敏或无反应，有些患者会出现知觉固定以及背景和图形紊乱的表现。
4、语言障碍：大多数脑发育不全患者可能伴有不同程度的语言障碍，有的表现为语言表达困难或构语困难，有的表现为发音不清或口吃，有的还表现为失语症，即能理解别人的语言，但自己无法讲话，这种情况尤其以手足徐动型的脑发育不全占比例为大。