儿童慢性肉芽肿病是遗传性白细胞功能缺陷所致。儿童慢性肉芽肿病的病因为遗传性免疫缺陷，无法产生杀菌所需的活性氧。本病一般无传播途径及诱发因素。
小儿慢性肉芽肿病的主要病因是由遗传物质异常，NADPH氧化酶活性降低或缺乏，使吞噬细胞依赖氧杀菌功能降低，吞噬细胞吞噬微生物后不能有效地杀灭微生物，导致患者对细菌、真菌易感性增高，发生反复慢性感染。