儿童结膜炎眼药水和成人结膜炎眼药水没有太大的区别，没有专用于治疗儿童结膜炎的眼药水。细菌性感染主要用0.3%的妥布霉素滴眼液，或者是左氧氟沙星滴眼液。分泌物比较多时，用3%的硼酸或生理盐水冲洗结膜囊，晚上涂红霉素眼膏。病毒性感染用更昔洛韦眼用凝胶。过敏性结膜炎可以用帕坦洛滴眼液、普拉洛芬滴眼液，严重者短期用氟米龙滴眼液。