疱疹性咽峡炎主要的症状是发热，一般是低度到中度发热，伴呼吸道炎症，如咽喉充血、水肿，同时咽喉周围有红色的丘疹。化验表现为病毒感染表现，以淋巴细胞升高为主。部分病例如果合并上呼吸道细菌感染，血常规可以有白细胞升高。和手足口病都是肠道病毒感染，临床表现不同之处主要是手、足、臀没有红色的斑丘疹、疱疹。其次，没有那么强的传染性。