儿童疱疹性咽喉炎主要是抗病毒治疗。常用的抗病毒的药物有磷酸奥司他韦颗粒，阿昔洛韦等，也可以配合应用具有抗病毒作用的中成药物，比如四季抗病毒口服液。如果患儿体温超过38度5，还需要应用解热药物，比如布洛芬混悬液。因咽痛进食较差，还需要注意营养支持。一般不应用抗生素，如果血常规提示合并细菌感染，可酌情应用抗生素。