小儿咳嗽做雾化吸入治疗也有副作用。虽然一些雾化药物相对于口服药物副作用较小，但是一些药物在雾化吸入过程中可能会对气道造成损伤，或者引起其他副作用。例如，糖皮质激素、特布他林、异丙托溴胺等药物可能会导致骨骼肌震颤、腿抖、心率加快等副作用。此外，在使用这些药物后，患者需要用温水洗脸漱口，以避免鹅口疮的发生。患者在医生指导下用药进行雾化治疗是更安全的做法。